La S.D. Euskalduna de Andoain se constituyó el 28 de mayo de 1923, siendo su primer presidente Ramón Ganzarain y pocos meses más tarde, el 9 de septiembre de 1923 se inauguró oficialmente el campo de fútbol de Etxeberrieta, con el encuentro disputado entre Tolosa C.F. y el C.D. Esperanza de San Sebastián, con el resultado de 2 a 1 a favor del Esperanza. De esta 1ª época cabe destacar a los siguientes jugadores:
Desde el año 28 al 36, la sociedad deportiva del Euskalduna desapareció, aunque los motivos no están claros. En su lugar, y en los años de la guerra civil, nacen en Andoain los equipos de Granaderos de la Fábrica de Armas y de los Espoleteros.
Renace el club en 1943 y de esta nueva época hay que destacar a Babil Echeveste, jugador y posteriormente entrenador del Club, a Fidel Arrieta, a José y José Cruz Aizpurua e Ignacio Echarri, quien militó en la Real.
Otros reconocidos jugadores del equipo urdiña y que en 1954 militaron en la S.D. Euskalduna son los internacionales juveniles Manolo Rebolledo e Ignacio Arberas. El equipo se hacía notar en la categoría de Regional y de esa época son algunos de los mejores jugadores de la historia del club, como Félix Rincón, Rafa Mendiluce , Julio Marigil, José Antonio Irulegui, Tomás Bardají y Pello Iguarán.
La edad de oro de la familia urdiña nació en la temporada 1960-61 y supuso un hito en la historia del Club, pues al vencer al Ilintxa por 1 a 0, en encuentro disputado en el campo de Beasain, un 26 de febrero de 1961, se proclamó Campeón de 1ª Regional, logrando el ascenso a Tercera División. Además, esa misma temporada quedó campeón de la Copa de Gipuzkoa, al vencer por 2 a 1 al Anaitasuna de Azkoitia. El Club permaneció siete temporadas en Tercera División, siendo jugadores destacados de aquella época José Esnaola, José Mª Artola y Corcuera, Lasa, Goicoechea, Agustín Arrieta, José Alkorta y Javier Vallejo. El desaparecido campo de Etxeberrieta guarda en la memoria tardes inolvidables de buen fútbol, de pasión futbolística y de sueños infantiles. El equipo de Andoain se hermanó con equipos de Navarra y La Rioja, y fue reconocido como un gran y respetado en los ámbitos deportivos.
En los años siguientes, hay que mencionar la temporada 1976-77, en la que el equipo Juvenil ascendió a la Liga Nacional bajo la dirección de Luis Ferreiro. En estos años disputó dos finales de la Copa de Gipuzkoa. La 1ª en Zarautz, el 17 de junio de 1989, frente al Touring, perdiendo por 4 a 2, y la 2ª en Atocha ante la UPV, el 8 de abril de 1993, perdiendo también por 2 a 0.
A finales de la temporada 1997-98 se celebraron los actos conmemorativos del 75 Aniversario de la fundación del Club. Con motivo de dicha efemérides se editó un libro con la historia del Club, escrito por José Javier Zatarain Abad. De este libro se han tomado las referencias históricas relativas a la entidad urdiña.
En la temporada 2002-03 el equipo descendió a Segunda Regional. Un año después ascendió nuevamente, sin conocer la derrota en ninguno de los encuentros disputados. Fue, además, campeón de la categoría al enfrentarse en Zubieta al Idiazábal.
En la temporada 2007-08 asciende a Regional Preferente continuando en esta categoría la 2008-2009 y 2009-2010, esta última con la nueva denominación de Regional de Honor en la que nuevamente se desciende. En la 2018-2019 se milita en la Regional Preferente.
Los presidentes de la S.D. Euskalduna de Andoain han sido: Ramón Ganzarain, Juan Barrenechea, Ignacio Echebeste, Emilio Mendaza, Manuel Zatarain, José Luis Lasarte, Edmundo Abad, Joseba Aguirre, Jesús Mª Ganzarain, Tomás Urbistondo, José Mª Olazabal, Pablo Echebeste, Bernardo Loidi, Regino Otegi, José Galparsoro, José Mª Oiarzabal, Pedro Irazu, Jesús Mª Martín Moleda, Xabier Aldalur, Josetxo Guruceaga, José Joaquín Jauregui, Ramón Iriarte, Ángel Aguirrezabal, Eneko Peñalvo, Joserra Bengoechea, Jose Ángel Huici, Gerardo Abrego y Salvador Parada.
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